Так, например, Лесосибирская налоговая инспекция (ЛНИ) еще в 2011 году подала в суд иск о взыскании с группы ОНЭКСИМ свыше 2-х миллиардов рублей. На такую сумму бизнесмен не заплатил подоходный налог. В свою очередь, Прохоров в тот раз заявил, что заинтересовавшие сотрудников ЛНИ сделки были совершены на территории Южного Уэльса и не подлежат российскому налогообложению.
В апреле 2016 года правоохранители, с подачи фискалов, провели обыски в офисах ОНЭКСИМ и ряда подконтрольных олигарху структур, а именно банке «Ренессанс Капитал», «Ренессанс Кредит», СК «Согласие» и компании «Квадра». Речь шла о неуплате налогов на сумму 1,78 миллиардов рублей за оказание консультационных услуг офшорным компаниям Onexim Group Management Limited, Onexim Holdings Limited, Onexim Services Limited, Joule Energy Limited и Rinsoco TradingCo. Limited. Некоторые из этих консультаций касались купли-продажи акций ОАО «Уралкалий» и активов группы «Ренессанс».
И в этом случае представители ОНЭКСИМ заявили, что услуги оказывались за пределами России, а следовательно оплата НДС не требовалась. Впрочем, в процессе обысков были изъяты 68 печатей различных организаций, включая оффшорных компаний, что подтверждало их управление с территории РФ. Также об этом свидетельствовали договоры о взаимном неразглашении информации, заключенные «Onexim Group Management Limited» с «Эссет Менеджмент Солюшн», «Росаналитика» и ЗАО «Найт Фрэнк» (Knight Frank).
В результате Арбитражный суд Москвы в 2018 году вынес решение о взыскании с ОНЭКСИМ свыше 500 миллионов рублей, в том числе долги по НДС, штрафы и пени. Юристы холдинга в кассационной инстанции смогли «отбить» только начисленный штраф.
В 2019 году у Прхорова возникли новые проблемы. Он был вынужден начать возвращать свои активы в Россию из-за ужесточения законодательства на территории Британских Виргинских островов. Сразу же после этого он начал активную их распродажу. Вероятно, олигарх, таким образом, хотел избежать повторного внимания фискальных и силовых органов.
В результате Прохоров и «Уралкалий», а также энергетическую компанию «Квадра». Кроме того он заявил о готовности продать банк «Ренессанс Кредит» и страховую компанию «Согласие». Однако, с банком вышла неувязка, вызвавшая скандал. Бывший генеральный директор «Связьинвеста» Евгений Юрченко, в собственности которого находились 6,5% кредитного учреждения, заявил, что после консолидации группой ОНЭКСИМ 100% акций «Ренессанс Кредита», ему не была выплачена положенная сумма.
